mstk.topology.Molecule
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.. currentmodule:: mstk.topology

.. autoclass:: Molecule

   
   
   .. rubric:: Methods

   .. autosummary::
   
      ~Molecule.__init__
      ~Molecule.add_angle
      ~Molecule.add_atom
      ~Molecule.add_bond
      ~Molecule.add_dihedral
      ~Molecule.add_improper
      ~Molecule.add_residue
      ~Molecule.from_rdmol
      ~Molecule.from_smiles
      ~Molecule.generate_angle_dihedral_improper
      ~Molecule.generate_conformers
      ~Molecule.generate_drude_particles
      ~Molecule.generate_virtual_sites
      ~Molecule.get_12_13_14_pairs
      ~Molecule.get_adjacency_matrix
      ~Molecule.get_distance_matrix
      ~Molecule.get_drude_pairs
      ~Molecule.get_sub_molecule
      ~Molecule.get_virtual_site_pairs
      ~Molecule.guess_connectivity_from_ff
      ~Molecule.is_similar_to
      ~Molecule.merge
      ~Molecule.refresh_residues
      ~Molecule.remove_atom
      ~Molecule.remove_atoms
      ~Molecule.remove_connectivity
      ~Molecule.remove_drude_particles
      ~Molecule.remove_non_polar_hydrogens
      ~Molecule.remove_residue
      ~Molecule.remove_virtual_sites
      ~Molecule.set_positions
      ~Molecule.split
      ~Molecule.split_residues
   
   

   
   
   .. rubric:: Attributes

   .. autosummary::
   
      ~Molecule.angles
      ~Molecule.atoms
      ~Molecule.bonds
      ~Molecule.dihedrals
      ~Molecule.has_position
      ~Molecule.impropers
      ~Molecule.n_angle
      ~Molecule.n_atom
      ~Molecule.n_bond
      ~Molecule.n_dihedral
      ~Molecule.n_improper
      ~Molecule.n_residue
      ~Molecule.name
      ~Molecule.positions
      ~Molecule.rdmol
      ~Molecule.residues
      ~Molecule.topology